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Dicas

Lema

"Quem vem de baixo, meu caro, deve varar com fé, pois age contra a gravidade"

(Heitor Villa-Lobos)

Literatura

Fazer pesquisa de qualidade requer pelo menos 50% do tempo dedicado à leitura e saber o que acontece na sua área. Assim, dedique uma manha da sua semana para acompanhar o que sai nos vários periódicos. Abaixo você pode encontrar

• Periódicos CAPES - Acesso on-line aos periódicos da uma serie de periódicos
• Webofscience - Busca no Webofscience
• Google Scholar - Site de busca especializado em ciências do Google
• Google Book Search - Veja parcialmente conteudo de livros
• American Chemical Society - Acesso às publicações da ACS
• John von Neumann-Institute (NIC) - Série de excelentes artigos e revisões sobre química computacional
• NIST Chemistry Webbook - Excelente fonte de dados experimentais, especialmente para fase gasosa; Contém espectros de IV e massas
• Banco de Espectros (SDBS) - Excelente banco de dados de espectros e propriedades. Tem vários espectros (RMN, IV, etc)
• Computational Chemistry Comparison and Benchmark Database - Excelente banco de dados de cálculos ab initio.
• Computational Chemistry List -Excelente lista de discussão sobre química computacional.

• Banco de Dados de Bases para Cálculos Ab initio - Banco de bases para cálculos ab initio, em diversos formatos (Gaussian, GAMESS, etc).

Tutoriais

Muitas vezes bons tutoriais e ler os artigos clássicos nos ajudam sobremaneira nas nossas tarefas. Abaixo vão alguns deles, que eu selecionei para voces.

Química Teórica/Modelagem Molecular

• Tutorial sobre Bases - Explicação da teoria sobre as bases para cálculos ab initio. ver também esse outro site
• Revisão sobre Ab initio - Ensina alguns conceitos necessários para realização de cálculos ab initio
• Ab initio for dummies - Cálculos ab initio. Vale o tempo investido.
• Tutorial para calculos MCSCF - Tutorial para a realização de cálculos ab initio MCSCF (multiconfiguracional). Também vale o tempo investido.
• Usando Gaussian - Tutorial para a realização de cálculos ab initio com o Gaussian em sistemas Linux. Mais um que vale o tempo investido.

Experimental

• Purificação em Coluna "Flash" - uso de cromatografia "flash" para purificação de substâncias químicas
• Técnicas e vidrarias de laboratório - Principais aparelhagens usadas em síntese orgânica.
• Banco de dados de substâncias perigosas - Excelente Trabalho do Prof. J. K. Hardy/ Excelent Work of Prof. J. K.Hardy. Browse through the other pages on site.
• Espectrometria de massas - Tutorial sobre espectrometria de massas (operação e interpretação de espectros)
• Técnicas de separação - Tutorial sobre técnicas de separação química.
• Tabelas de pKa - Tabela extensa de pKa's de compostos orgânicos e inorgânicos.
• Impurezas em Solventes de RMN - Tabela com principais deslocamentos químicos de impurezas comuns em solventes de RMN. (J. Org. Chem . 1997 , 62 (21), pp 7512-7515. DOI: 10.1021/jo971176v)

Oficinas

Diminua a burocracia. Para a confecção/reparo para o laboratório procure diretamente as oficinas do IQ. Mantenha laboratório sempre em ordem. Qualquer problema maior falar com alguém mais antigo no lab ou com Pierre.

• Oficina de vidro (hialotecnia) - Qualquer serviço em vidro
• Oficina Mecânica, Hidráulica, Elétrica - Qualquer serviço para laboratório

Serviços de Espectroscopia

Diminua a burocracia. Para a obtenção de espectros preencha diretamente as requisições.

• RMN - para espectro de 1H e 13C. É necessário levar o tubo de RMN pronto.
• Infravermelho e NIR - Falar com a Leo (lab 628)
• Massas - Falar com Profa. Débora (lab 603).

Comandos Cluster (para comandos básicos UNIX-Linux consulte: http://www.ss64.com/bash/)

• sinfo - Visualizador do cluster
• qmon - Interface gráfica para o sistema de filas
• qdel numero_processo_PID - Apaga job de numero numero_processo_PID da fila
• qstat - Vê fila
• qstat -r - Vê jobs detalhados na fila
• qstat -r -u usuário - Vê jobs detalhados do usuário usuário na fila
• qstat -r -u usuário -s z - Vê jobs do usuário usuário que terminaram.
• qg03 nome_arquivo - Submete calculo nome_arquivo.inp para Gaussian para a fila
• gall nome_arquivo - Gera resumo do cálculo Gaussian (U, ZPE, H(298)-H(0), S e Nimag)
• gall1 nome_arquivo - Gera resumo do cálculo Gaussian (H(298), S(298) e G(298))
• g98_resumo nome_arquivo - Gera resumo do cálculo Gaussian (geometria + outras informações)
• qgms nome_arquivo - Submete calculo nome_arquivo.inp para GAMESS US para a fila
• scp -r usuário@nó1:diretório1/arquivo1 usuário@nó2:diretório2/arquivo2 - Copia o(s) arquivo(s) 1 do usuário do nó1 para o diretório2 recursivamente
• ssh -X -A nó - Shell segura para nó
• molden - Interface gráfica para cálculos ab initio
• vmd - Outro visualizador, excelente para cálculos de dinâmica molecular
• xmgrace - Programa para fazer gráficos (tipo Origin)

Manuais

• Gaussian - Programa para cálculos ab initio
• Visualização no Gaussian - Dicas para visualização dos resultados do gaussian
• CPMD - Programa para dinamica molecular ab initio
• Visualização no CPMD - Visualização com CPMD
• GAMESS US - Programa para cálculos ab initio
• VB2000 - Programa para cálculos ab initio VB (valence bond)

Para pensar

• Being a Scientist: A Personal View - por John C. Polanyi
• Grandes Pensadores: Karl Popper - Procurem ler seus livros.
• Grandes Pensadores: Thomas Kuhn - Outro imperdivel

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